市水利局設下列內設機構：

一、辦公室。負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作。承擔信息、保密、信訪、政務公開、宣傳和后勤保障等工作。承擔機關和指導直屬單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓和離退休人員服務等工作。擬訂水利方面人才隊伍建設規(guī)劃并組織實施。承擔水利體制改革有關工作。負責機關和直屬單位的黨建、紀檢、意識形態(tài)、群團等工作。

二、政策法規(guī)與監(jiān)督股（行政審批服務股）。組織、協(xié)調起草有關規(guī)范性文件和重大政策。組織協(xié)調水利部門轉變政府職能、深化行政審批制度改革有關工作。負責本單位行政審批服務事項的統(tǒng)一受理、結果反饋、發(fā)件發(fā)證等工作，負責組織協(xié)調、督促各相關股室做好職責范圍內行政審批服務事項的辦理工作。牽頭負責執(zhí)行行政審批工作制度、標準。牽頭負責本單位行政審批服務事項網上辦理有關工作。承擔有關規(guī)范性文件的合法性審查工作。指導監(jiān)督水行政執(zhí)法。承擔行政應訴、行政復議、行政賠償及普法宣傳、法律顧問等相關工作。組織指導水政監(jiān)察工作。承擔重大涉水違法事件的查處。協(xié)調、仲裁部門間和各鎮(zhèn)（街）間的水事糾紛。負責水利規(guī)費征收工作。督促檢查水利重大政策、決策部署和重點工作的貫徹落實情況。組織實施水利工程質量和安全監(jiān)督。負責水利行業(yè)領域安全生產工作。組織指導水庫、堤防、水閘、水電站大壩、農村水電站等水利工程的安全監(jiān)管。

三、規(guī)劃計劃與財務審計股。研究擬訂水利發(fā)展規(guī)劃、重要江河湖泊流域綜合規(guī)劃、水資源綜合規(guī)劃、重大水利專業(yè)專項規(guī)劃。負責組織水工程建設項目合規(guī)性審查。承擔水利統(tǒng)計工作。組織上級及市級水利投資計劃編制工作，并監(jiān)督指導資金使用。負責編制運轉性資金預算并組織實施。承擔財務管理、資產管理和內部審計工作。提出有關水利價格、收費、信貸的建議。承擔水利資金管理使用、水利工程建設管理的審計監(jiān)督及績效評價工作。

四、水資源管理股（市節(jié)約用水辦公室）。組織實施最嚴格水資源管理制度相關工作，組織實施水資源取水許可、水資源論證等制度，指導開展水資源有償使用工作。組織指導水量分配及水資源調度工作并監(jiān)督實施。組織編制水資源保護規(guī)劃，指導飲用水水源保護、河湖水生態(tài)保護與修復及河湖水系連通工作。組織開展水資源調查評價有關工作，編制發(fā)布全市水資源公報。參與編制水功能區(qū)劃和指導入河排污口設置管理。指導地下水相關開發(fā)利用、水資源管理保護、超采區(qū)綜合治理。擬訂節(jié)約用水政策，組織編制全市節(jié)約用水規(guī)劃，指導擬定行業(yè)節(jié)約用水規(guī)劃并協(xié)調實施。組織指導社會計劃用水、節(jié)約用水工作。組織實施用水總量控制、用水效率控制和用水定額管理制度。指導和推動節(jié)水型社會建設工作。指導城市污水處理回用等非常規(guī)水源開發(fā)利用。

五、河湖管理股。負責水域及其岸線的管理和保護工作。負責組織江河湖泊、河口灘涂的開發(fā)、治理和保護工作。負責組織監(jiān)督河道采砂管理工作，負責組織河道采砂計劃的編制。組織實施河道管理范圍內工程建設方案審查制度。負責市全面推行河長制工作領導小組辦公室(市河長制辦公室)日常工作，承擔推進河長制、湖長制的組織實施等具體工作。

六、水利工程建設與運行管理股。指導水利工程建設管理，組織制定有關制度并監(jiān)督實施。負責組織水利工程蓄水安全鑒定和驗收，組織江海堤圍、水庫、水閘、引水工程建設的項目建議書、可行性研究報告、初步設計的技術審查和建設管理工作。負責水利建設市場的監(jiān)督管理和水利建設市場信用體系建設。指導水利設施的管理、保護和綜合利用。組織編制水庫運行調度規(guī)程，指導水庫、堤防、水閘、水電站大壩等水利工程的運行管理與劃界。負責水利工程管理體制改革工作。

七、水土保持與農村水利水電股。指導水土流失綜合防治工作，組織編制水土保持規(guī)劃并監(jiān)督實施，組織水土流失監(jiān)測、預報并公告。按權限審核生產建設項目水土保持方案并監(jiān)督實施。指導農村水利工作。組織指導農村灌區(qū)骨干工程、澇區(qū)治理工程、農村水電站建設的項目建議書、可行性研究報告、初步設計的技術審查和建設管理工作。指導農村供水、農村飲水安全工程建設管理和節(jié)水灌溉，指導農村機電排灌站運行管理工作。負責農村未鋪設（接駁）城區(qū)供水管網地域的供水管理工作。指導農村生活污水管理工作。組織擬訂全市農村水能資源開發(fā)規(guī)劃，指導農村水能資源開發(fā)、農村水電站改造和水電農村電氣化及運行管理工作。指導農村水利社會化服務體系建設。負責實施鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略水利保障工作。指導、監(jiān)督農村黑臭水體整治管理工作。

八、水旱災害防御和水庫移民股。組織編制洪水干旱災害防治規(guī)劃、防護標準、防洪方案及相關應急預案并指導實施。負責監(jiān)督水利工程防汛抗旱責任制落實，承擔水情旱情預警和水利工程應急搶險的技術支撐工作，建立健全防汛防旱監(jiān)測預警管理信息平臺。組織指導水利水電工程搶險物資儲備和工程搶險隊伍建設。組織協(xié)調指導蓄滯洪區(qū)安全建設、管理和運用補償工作。統(tǒng)計水利設施受災情況，指導實施水利工程應急度汛項目。承擔洪泛區(qū)、蓄滯洪區(qū)和防洪保護區(qū)的洪水影響評價工作。組織編制重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱災調度以及應急水量調度方案并組織實施。全面掌握全市水情、旱情、水利行業(yè)險情、水旱災情等信息及相關工作動態(tài)，嚴密監(jiān)控全市各中、小型水庫、江河堤圍等水利工程的運行情況，及時報送有關情況。統(tǒng)計上報水利設施災情、損失等情況。承擔臺風防御期間水工程排洪調度工作。組織有關防洪論證工作。指導河湖生態(tài)流量水量管理。負責水利科技項目和科技成果的管理工作，組織水利技術引進與科技推廣。管理水利技術標準化工作。組織編制水利信息化規(guī)劃，指導全市水利信息化建設工作。

擬訂水庫移民安置計劃，審核大中型水利水電工程移民安置規(guī)劃。負責全市大中型水利水電工程（含抽水蓄能電站）移民安置管理和監(jiān)督工作，組織實施水利水電工程移民安置驗收、監(jiān)督評估等制度。組織新建水庫農村移民后期扶持人口核定登記。指導監(jiān)督全市水利水電工程移民（含三峽工程遷入移民）后期扶持管理工作，協(xié)調推動對口支援三峽庫區(qū)工作。